A causa del trabajo de su padre, Kōichi Sakakibara se muda a Yomiyama a vivir con sus abuelos y su tía Reiko. Debido a un neumotórax, él se pasa su primer mes hospitalizado, perdieron así su primer día de escuela. Tres estudiantes de su clase lo visitan, pero ellos actúan extraño y le cuestionan preguntas personales, como si él había vivido en Yomiyama antes. En el elevador del hospital, Kōichi conoce a una chica con un parche en el ojo, que se presenta como Mei Misaki. Cuando Kōichi se recupera, va a la escuela y todos son amigables con él. Kōichi le pregunta a Yukari dónde está Mei, ella se sorprende, pretendiendo no saber de quién está hablando. Durante la conversación con Mei en el tejado, ella le dice que no intente acercarse a ella, diciendo que la clase es "mucho más cercana a la muerte" que otra clases. Al momento de ir a casa, Kōichi ve a Mei mirando hacía arriba mientras estaba lloviendo.

La historia se centra en una clase maldita y en los hilos del destino que llevan a todos los alumnos y alumnas de la misma hasta a la muerte. Hacía 26 años iba a esa clase una chica llamada Misaki. Buena deportista, popular, caía bien a todo el mundo, las mejores notas? pero un día murió dejando un vacío enorme en sus compañeros de clases. Estos, decididos a no olvidarla, siguieron actuando como si Misaki siguiera viva hasta la graduación. Años después, en primavera de 1998, un chico llamado Koichi Sakakibara es transferido a esa clase para no tardar en darse cuenta de que hay algo raro ahí, especialmente con esa tal Misaki que siempre ve al fondo de clase dibujando sola y que lleva un parche.