Kobayashi se deshizo de la oposición y ahora ajusta el curso de la nave Sidonia rumbo al noveno planeta, en el vecino sistema Lem. La guerra parece inminente.

La historia se desarrolla tras la marcha de los humanos de la Tierra debido a una invasión extraterrestre a manos de unas criaturas conocidas como los Gauna. Los humanos viajan por el espacio en enormes naves mientras los Gauna continúan persiguiéndoles. La cultura humana sigue desarrollándose, y la gente comienza a pelear contra los Gauna con unos robots gigantes a los que llaman Morito (guardianes). Un joven llamado Nagate Tanikaze entrena como piloto de Morito a bordo de la nave Sidonia, donde defenderá a su gente de los ataques de los Gauna.