En la escuela, Nanami salva a una serpiente blanca que estaba siendo molestada por sus compañeros de clase. La serpiente blanca deja tras de sí una extraña marca en su brazo que preocupa a Tomoe, lo que hace que decida ir con ella a la escuela. Nanami va a llenar el registro de clase sin Tomoe, ya que se quedó dormido. En en el camino llega de nuevo la serpiente blanca, -la cual se llama Mizuki- y la lleva al santuario de su Yonomori Mitsuha. Mizuki entonces le pide que se case con él, Nanami intenta escapar, pero no es capaz de hacerlo. Ella se entera de que el santuario no tiene ningún dios y Mizuki le explica la situación. Nanami lo consuela y otra vez él le pide casarse con él, pero ella se niega y en eso llega Tomoe. Tomoe se irrita con Mizuki y intenta quemar el árbol que Yonomori Mitsuha dejo, y el cual Mizuki atesoraba. Nanami detiene a Tomoe y le promete a Mizuki que cada vez se sienta solo ella vendrá a mirar el árbol con él.

La historia comienza con Nanami Momozono, una chica que ha perdido su casa a causa de las deudas de juego de su padre y ha sido abandonada por éste. Al encontrarse en el parque sin casa o lugar adónde ir, conoce a un joven y lo salva ya que estaba siendo amenazado por un perro, a cambio de dicho acto el joven le concede su propiedad y el derecho de ser el nuevo dios de la tierra.