Biba se reúne con su padre Shogun Koukyo después de 10 años, mientras Nue de Mumei está listo. Mientras tanto, Ikoma ha perdido la confianza y la fuerza de voluntad. Ahora es un mero caparazón de su antiguo yo y solo puede acobardarse ante la vista del Kabane.

Mientras el mundo se encuentra en medio de una revolución industrial, aparece un monstruo que para ser derrotado, su corazón protegido por una capa de hierro, debe ser traspasado. Al infectar a los humanos con su mordedura, puede crear criaturas agresivas y no muertas conocidas como Kabane. En la isla Hinomoto, la gente ha construido estaciones para protegerse. La gente accede a la estación, con la ayuda de una locomotora a vapor, llamada Hayajiro. Ikoma, un niño que vive en la estación Aragane, crea su propia arma llamada Tsuranukizutsu para derrotar a las criaturas. Un día, mientras espera la oportunidad de usar su arma, conoce a una chica llamada Mumei, que está eximida de la inspección obligatoria de Kabane. Durante la noche, Ikuma se encuentra con Mumei nuevamente cuando ve a Hayajiro fuera de control. El personal de la locomotora se ha convertido en las criaturas. La estación, ahora bajo el ataque de Kabane, es la oportunidad que Ikoma estaba buscando.