La historia vuelve al año 2025 para mostrarnos el origen de la inmortalidad de la humanidad y los klaxosaurios, entre otras cosas.

En un futuro lejano, cuando la Tierra está en ruinas y la humanidad ha establecido una ciudad-fortaleza móvil bautizada como “Plantación”, unos pilotos viven en Mistilteinn, la “Jaula de pájaros”. Los niños viven allí sin conocer el mundo exterior ni la libertad. Su vida consiste en luchar y superar misiones contra unas formas de vida gigantes y misteriosas conocidas como Kyouryuu. Para enfrentarse a ellos, utilizan los robots Franxx. Un chico llamado Hiro está bautizado como Code:016 y, una vez, fue considerado un prodigio. No obstante, se ha quedado atrás y su existencia parece innecesaria. No pilotar un Franxx es igual a no existir. Un día, una chica misteriosa conocida como “Zero Two” aparece ante él y dos cuernos surgen de su cabeza.