Mientras Chii compraba el tercer tomo de su libro es secuestrada por un pirata de internet llamado Yoshiyuki que siente curiosidad de descubrir las cualidades de un chobit, esto lo llevara a intentar formatear a Chii. Mientras Hideki intenta encontrarla.

Hideki es un chico de Hokaido que llega a la gran ciudad de Tokio para ir a la Universidad. Al instante queda anonadado por la gran variedad y cantidad de Persocons: ordenadores personales diseñados para que se parezcan y actúen como animales o inclusos personas. Hideki es pobre y no tiene dinero para comprarse uno, pero se puede dar crédito a sus ojos cuando ve un Persocon entre los cubos de basuras. Sin embargo, este regalo del destino se convierte en todo un misterio ya que su Persocon, Chi, es capaz de funcionar sin sistema operativo. ¿Será verdad?